Сергей Бойко давно уехал из страны, до этого и находясь позднее зарубежом, он регулярно критиковал власть, особенно в части Специальной военной операции на Украине. Именно это стало причиной обращения депутатов к Председателю СК РФ Бастрыкину о возбуждении в отношении Бойко и лишении его депутатского мандата.
В феврале этого года Сергея Бойко объявили в розыск, а в марте на сайте Министерства Юстиции России появилось сообщение о признании его иноагентом. В качестве причин указана дискредитация идей служения Отечеству, создание отрицательного отношения к военной службе, призывы к протестам и митингам против участвовать в протестных действующей власти.
В сентябре 2022 года стало известно, что Бойко продает квартиру в центре Новосибирска на ул. 1905 года. Бойко с семьей уехал из России еще в 2021 году, при этом продолжал направлять в Горсовет документы, подтверждающие, что он в загранкомандировке. В мае 2022 года у его близкого окружения прошли обыски.