Традиционно вторая волна возникает на фоне притока вод из-за таяния снега в горах Республики Алтай, а также из-за дождей. Готовится ко второй волне и Новосибирская область.
В районе Барнаула достижение пика зафиксировали еще 30 мая. К 2 июня в районе новосибирской ГЭС держатся повышенные значения. При этом таяние снега в горах почти подошло к концу, поэтому можно делать выводы о скором прибытии второго пика в Новосибирскую область.
Сейчас водохранилище наполняется примерно на семь сантиметров в сутки. 3 июня уровень водохранилища в среднем достигал отметки 112,32 метра, что укладывается в норму. Полезный объем водохранилища (не стоит путать с полным объемом) занят наполовину. Планируется, что норма в 113,5 метра будет достигнута к 30 июня.
Еще во время первой волны паводка власти региона заявили, что в период второй волны могут оказаться подтоплены территории в Советском и Первомайском районах Новосибирска. Дело в том, что из-за большого притока воды требуется освободить место в водохранилище. Резкий сброс воды способен вызвать подтопления ближайших по течению районов.